本学は開学から7年目を迎えた新しい大学ですが、本学を運営する関西文理総合学園のルーツは、あの忌わしい戦争に敗北し、不戦平和・民主主義を国是として新しい国づくり、人づくりに立ち上がった1946年にまで遡ります。
戦時下、誤った軍国主義教育を受け、戦後は学ぶ機会を奪われた若者たちに、再び真理をつかむ学び舎を提供しようと考えた、京都の文化人たちが設立した京都人文学園（初代園長・新村猛、顧問・新村出〈広辞苑編者〉）がその前身です。平和とヒューマニズムを何よりも尊び、豊かな人間性と科学的合理主義的思考力を兼ね備えた「行動の人として思考し、思考の人として行動する」近代人の育成をめざす教育理念は、本学園と大学に引き継がれています。
人文主義による人間教育を基本とし、文理融合による全人教育を実践して、思考と行動が一致する世界市民の育成を目指しました。この教育理念が、「行動する思考人」教育です。
本学園はこの基本理念を、21世紀が要請する教育の今日的な課題、すなわち「環境・科学・平和・国際・福祉・人権」に関する教育に具現化していくことに努めてきました。そして本学においては、地球規模の全面的な危機の深化のもとで、持続可能な人類社会の構築に貢献できる大学教育を実践しています。換言すれば、「環境世紀」を拓きその進歩発展に寄与する、行動する思考人としての高度バイオ人材を育成することです。
大学院博士課程後期課程の完成年次にあたる今年度、新学科の設置と長浜サイエンスパークの実現など、開学時に掲げた目標の達成を受けて、第3次中期ビジョンの策定を進めています。
また、京都で専門学校や予備校を運営してきた関西文理学園と、2010年度の早い時期には法人を発展的に統合することにしています。これに伴って京都の教育施設を有効に活用し、本学の「京都キャンパス（仮称）」開設も構想し、新たな学園発展事業に着手することにしています。
時代が歴史的な大転換と革新を求めているなか、本学園の理念と業績は、一段と輝きを増しています。本学はこの理念に基づく高度バイオ人材の育成と研究開発に努めていくことを使命とし、時代の要請に応えていきます。