3月17日（土）、2011年度卒業式・学位授与式をとりおこないました。
卒業生276名（学部238名、大学院38名）は冷たい雨の中、保護者、教職員、来賓の温かい眼差しに見守られて新しい一歩を踏み出しました。
三輪正直学長は「皆さんの細胞にある46本の染色体が受け継がれていく組み合わせは、じつに70兆の組み合わせになります。みなさん一人一人は70兆の組み合わせの中から選ばれた一人であり、たいへんユニークな存在でであることを自覚してください。また、体の中ではそれぞれの臓器の細胞が、シグナルを正確にキャッチして適切に役割を果たすことで臓器という組織が正常に働きます。ぜひ皆さんも社会の中でシグナルを出したり受け取ったりのコミュニケーションを密にして活躍してほしいと思います。」と餞（はなむけ）の言葉を贈りました。そして、276人全員の氏名を読み上げ激励しました。
学部卒業生を代表して分子生命科学コースの石田景子さんが、「昨年は東北地方太平洋沖地震が起き、日本に大変な被害をもたらしました。地震発生から一年が経ち、問題は山積みである中にも、少しずつ復興に向かっています。こんな時期だからこそ、何が必要で何をすべきなのか、自分で考え行動しなければなりません。私たちは四月から、それぞれ新しい道を歩み始めます。思うようにいかず困難なことに直面することもあると思います。しかし、長浜バイオ大学で得た知識や経験を活かし、若い創造力を持って一歩ずつ前に進み、社会に貢献していきたいと思っています。」と答辞を述べました。
式典のあと、恒例の角帽投げを行いました。
2012年3月17日 近江毎夕新聞
276人が巣立つ バイオ大で卒業式
長浜市田村町の長浜バイオ大学（三輪正直・学長、学校法人・関西文理総合学園経営）で17日に卒業式があり、276人が巣立った。卒業生の内訳はバイオサイエンス学部第6期生238人、大学院博士課程の前期課程修了34人、同後期課程修了4人。式では卒業証書、学位記授与などのあと、三輪学長の式辞、若林浩文・関西文理総合学園理事長らの祝辞、在学生代表の送辞、卒業生総代の答辞があり、式後、卒業生全員が角帽を頭上に一斉に投げて門出を祝った。
三輪学長は式辞で「ヒトの細胞にある46本の染色体が受け継ぐ組み合わせは70兆。世界の人口は70億に達したばかりだが、皆さんの一人一人は70兆の組み合わせの中から選ばれた一人という存在」とし、ユニークな能力を持つ存在であることを自覚してほしいと呼びかける一方、「ヒトは200種以上の異なった細胞の連携で維持されている」として、組織、社会の一員、細胞としての自覚も求めた。
卒業生の就職内定率は今月13日現在で86.8%で、京都府内31大学の67.5%（2月1日現在）に比べて大幅に高い。