第111回長浜バイオ大学バイオセミナーを開催します。
日 時： 2014年11月25日（火） 15時20分～16時20分
場 所： 命江館3F 中講義室1
テーマ：近隣剪定法による大量配列情報 リサンプリング
講 師：長浜バイオ大学 コンピュータバイオサイエンス学科
米澤 弘毅 先生
【講演内容】
近年、様々な遺伝子情報がデータベース上に大量に蓄積されている。このような大量の配列情報は進化学の研究者にとって大変有用であるように思われるが、巨大なデータセットを用いた進化解析は計算時間の面で困難が伴う。しかし、データセットから研究者が恣意的に遺伝子配列を選んで進化解析を行うと、真の結果とは異なる結果になるケースも生じる。また、元のデータセットにサンプリングバイアスが含まれている可能性も指摘されている。この問題に対し、サンプリング密度の濃い部分に存在する配列を適宜取り除くことによってリサンプリングを行う近隣剪定法というアルゴリズムを設計した。
今回のセミナーでは、他のリサンプリングアルゴリズムとの性能比較、インフルエンザウイルスの各遺伝子に対するリサンプリング結果について発表する。また、本手法は病原体ウイルスの配列情報に対して適用することを目的としていたが、Evolutionary Trace解析の際にも有用であったので、その実用例を紹介する。