長浜バイオ大学について

教員の紹介（西 義介）

バイオサイエンス学科 分子生命科学コース

西　義介（にし・よしすけ）
Yoshisuke Nishi

職位：教務部長、教授
学位：薬学博士（東京大学）
●京都大学農学部農芸化学科卒業
●日本たばこ産業（株）中央研究所、同生命科学研究所、同生命分子工学研究プロジェクトグループなどで主任研究員、主席研究員、調査役などを歴任

専門分野

蛋白質工学、抗体工学、分子遺伝学

研究テーマ

　私は元JTの研究者です。JTで何年間も治療用抗体の開発研究や触媒抗体の基礎的研究分野で仕事をしてきました。この時の経験を元にして、現在はsmall linear-epitopesを識別する抗体の同定と単離の研究に焦点を当てております。抗体libraryはマウスscFv、重鎖可変領域（VH）、軽鎖可変領域（VL）、サメ IgNAR可変領域、ラクダVHHなどから作製します。これらの抗体分子をphage g3pタンパク上に発現させます。選択を繰り返し、最上の結合を示す抗体を同定します。この手法は進化分子工学と呼ばれます。このようにして得られた抗体を順番にoverlapさせて最終的には未知のpeptideの配列解析を可能（整列エピトープマッピング）にします。我々はこれをSequencing by Ordered Clones by Sequential Overlappings (SOCSO)法と名付けています。これは丁度hybridizationにより DNA配列を解析する方法に類似したpeptide版の配列解析法と言えます。

　このuniqueな方法は一旦開発されると、genomic やcDNAの情報がなく、他の方法では解析が出来ないようなpeptideの配列解析に有用で、翻訳後修飾を受けたproteinの配列解析にも応用できます。化学的な配列解析やMS spectrometryのような既存の技術に比べ、本法は構造相補的な結合を介した配列解析法として、chip-basedのplatformに組み込むことが可能になります。

Topics of research

I have been working at JT as a scientist in the field of therapeutic antibodies and also basic studies on catalytic antibodies for years. Based on this experience, studies are now focused on identifying antibodies that recognize small linear-epitopes in use for proteomic purposes.

Libraries are made from mouse scFv, single heavy chain of a variable region (VH), single light chain of a variable region (VL), shark single chain of IgNAR variable region, camel VHH and so forth. These are displayed on the phage g3p proteins. Selections are cycled several times to identify the best binders. This process is so-called 'Evolutionary Molecular Engineering' and we name our sequencing approach as Sequencing by Ordered Clones by Sequential Overlappings (SOCSO). SOCSO permits sequencing the unknown peptides in such a way like sequencing DNA by hybridization.

This unique method once developed is useful for sequencing of the peptides without any genomic or cDNA information and also applied to the proteins post-translationally processed, which are otherwise hard to be sequenced. As compared with the existing technologies like chemical sequencing or using the MS spectrometry, this method can be fabricated into a chip-based platform for sequencing by structurally complemental binding.

主な業績論文等

  1. Ruzheinikov, S. N., Muranova, T. A., Sedelnikova, S. E., Partridge, L. J., Blackburn, G. M., Murray, I. A., Kakinuma, H., Takahashi-Ando, N., Shimazaki, K., Nishi, Y. and Rice, D. W.: High-resolution crystal structure of the Fab-fragments of a family of mouse catalytic antibodies with esterase activity, J. Mol. Biol., 332, 423-435, (2003).
  2. Nishi, Y.: Evolution of catalytic antibody repertoire in autoimmune mice, J. Immunol. Methods, 269, 213-233, (2002).
  3. Takahashi, N., Kakinuma, H., Liu, L., Nishi, Y. and Fujii, I.: In vitro abzyme evolution to optimize antibody recognition for catalysis, Nat. Biotechnol., 19, 563-567, (2001)
  4. Sun, J., Takahashi, N., kakinuma, H. and Nishi, Y. : Molecular evolution of catalytic antibodies in autoimmune mice, J. Immunol., 167, 5775-5785, (2001).
  5. Takahashi, N., Kakinuma, H., Hamada, K., Shimazaki, K., Takahashi, K., Niihata, S., Aoki, Y., Matsushita, H. and Nishi, Y.: Efficient screening for catalytic antibodies using a short transition-state analog and detailed characterization of selected antibodies, Eur. J. Biochem., 261, 108-114, (1999).

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